Die Geschichte des Aikido ist zurzeit noch überwiegend eine Geschichte seines Begründers Morihei Ueshiba, da es sich bei Aikido um eine relativ junge Kampfkunst handelt. Ueshiba wurde am 14.12.1883 in Tanabe, Japan, geboren. Sein Vater war ein wohlhabender Bauer und Lokalpolitiker, seine Mutter eine gebildete Frau, die sich mit Literatur, Kunst und Religion beschäftigte. Schon in seiner Jugend begann er sich, geprägt durch den Einfluss seiner Eltern, für Kampfkünste (Ju-Jutsu Sumo) sowie verschiedene religiöse und spirituelle Praktiken zu interessieren. Gleichzeitig absolvierte er seinen Schulabschluss. 1902 heiratete er Hatsu Itogawa und nahm 1904 als Soldat am Krieg gegen Russland in der Mandschurei teil. Auch während dieser Zeit erlernte er verschiedene Stile des Ju-Jutsu.
1910 siedelte Ueshiba auf die Insel Hokkaido um, auf der er sich als Landwirt betätigte. Dort begegnete er Sokaku Takeda, einem bekannten Kampfkunstmeister des Daito-ryu Aikijutsu. Dieser sollte mit seinen Techniken einen grossen Einfluss auf die Entwicklung des späteren Aikido haben. Um Takeda ranken sich viele Geschichten und Mythen. Er erlernte ebenfalls sehr früh verschiedene Kampfkünste und verdiente sich zwischen 1900 und 1915 seinen Lebensunterhalt mit dem, was man heute als das Halten von Seminaren bezeichnen würde.
Ueshiba trainierte ungefähr drei bis vier Jahre intensiv unter Takeda, bis er schliesslich 1919 Hokkaido, wegen der Erkrankung seines Vaters, zu dem er zurückkehren wollte, verliess.
Auf dem Rückweg lernte er den Begründer einer neuen Religion (Omoto-kyo) Deguchi kennen. Zu dieser Zeit entstanden überall in Japan neue Religionsgemeinschaften, es traten Seher, Propheten und Prediger auf. Die Ursache dafür lag wahrscheinlich im Niedergang der alten Ordnung Japans zu Beginn des 20. Jahrhunderts. So zählte Omoto-kyo zwischen1919 und 1921 mehrere Millionen Mitglieder.
1920 zog Ueshiba mit seiner Familie nach Ayabe, in die Nähe des Hauptsitzes von Omoto-kyo. Dort half er bei der Umsetzung landwirtschaftlicher und baulicher Projekte und lernte von Deguchi. Parallel übte er Kamplkunst zunächst für sich allein, dann unterrichtete er einige Anhänger des Omoto-kyo. Ueshiba und Deguchi durchlebten etliche politische Unruhen und Intrigen.Im Jahr 1925 soll Ueshiba eine »Erleuchtung« gehabt haben. Diese eröffnete ihm eine tiefe spirituelle Einsicht in die Zusammenhänge des Universums. Wichtig für die Begründung des Aikido wurde aber vor allem die Erkenntnis Ueshibas, dass nicht Streit der Kern der traditionellen Kampfkünste (Budo) ist, sondern Liebe. Diese hat zur Aufgabe, alles Bestehende zu achten und zu schützen.
Um 1925 verwendete Ueshiba zum ersten Mal die Bezeichnung AIKIDO für seine Kampfkunst. Wann genau das Wort Aikido zum ersten Mal auftaucht, ist je nach Quelle etwas unterschiedlich datiert. Vorher nannte Ueshiba seine Kunst z.B. Aiki-Budo, Aiki-Jutsu usw. Als Kampfkunstmeister wurde er von nun an immer bekannter. 1927 zog Ueshiba nach Tokio und begann dort zu unterrichten. 1930 besuchte ihn hier auch Jigoro Kano, der Begründer des modernen Judo. Von ihm ist angesichts der Bewegungen Ueshibas der Ausspruch überliefert: „Das ist ideales Budo – wahres Judo“. Um im Dojo von Ueshiba trainieren zu dürfen, mussten die Schüler seinerzeit Empfehlungsschreiben und zwei Sponsoren mitbringen. Entscheidend war dann ein persönliches Vorstellungsgespräch. Ueshiba unterrichtete dabei keinesfalls systematisch, sondern experimentierte und entwickelte immer wieder neue Techniken. Zum täglichen Training gehörten stets auch Übungen mit verschiedenen Waffen, vor allem mit dem Schwert.
Mit Beginn des Krieges zog sich Ueshiba 1942 aus dem öffentlichen Leben zurück. Die Leitung seiner Schule übertrug er seinem Sohn Kisshomaru. Er selbst ging in das 150 km entfernte Iwama, um sich wieder ganz auf Budo und Landwirtschaft zu konzentrieren. Nach dem Krieg war die Ausübung der Kampfkünste zunächst durch die amerikanischen Besatzer verboten. Ueshibas Schule in Tokio wurde 1949 wiedereröffnet. In den 1950er- und 1960er-Jahren überliess es Morihei Ueshiba hauptsächlich seinen Schülern und seinem Sohn Kisshomaru, Aikido in der Welt zu verbreiten. Ueshibas Leben war jetzt geprägt durch ein Bedürfnis nach Frieden und Spiritualität. In seinen letzten Lebensjahren hat er nur noch gelegentlich in Iwama, Tokio und in verschiedenen Städten unterrichtet. Nur noch wenige Schüler bekamen ihn zu Gesicht, auch wenn er sich 1961 für sechs Wochen in den USA aufhielt
In seinen späten Lebensjahren erkrankte OSensei Morihei Ueshiba an Leberkrebs und starb am 26.04.1969.